2.Instalaciones del curso

Antes de empezar con el curso instale los siguientes programas y paquetes, estos links son para el SO windows.

FastQC: quality control for high throughput sequence data Descargar fastqc

Trimmomatic: A flexible read trimming tool for Illumina NGS data Link trimmomatic

SRA Toolkit:The SRA Toolkit and SDK from NCBI Link sratoolkit

Instalacion de R y Rstudio para Windows.

Descargar R Descargar Rstudio

Instalaciones de paquetes para el análisis de RNASeq

Para instalar los paquetes de R usaremos el gestor de paquetes de Bioconductor.

## Instalar gestor de paquetes de Bioconductor
install.packages("BiocManager")

## Activar BiocManager
library(BiocManager)

## Instalar los siguientes paquetes:

BiocManager::install("Rbowtie2")
BiocManager::install("Rsubread")
BiocManager::install("Rsamtools")
BiocManager::install("dplyr")
BiocManager::install("org.At.tair.db")
BiocManager::install("pheatmap")
BiocManager::install("GO.db")
BiocManager::install("DESeq2")
BiocManager::install("ggplot2")
BiocManager::install("pathview")
BiocManager::install("KEGGgraph")
BiocManager::install("ape")
BiocManager::install("ggplot2")
BiocManager::install("pheatmap")
BiocManager::install("pathview")
BiocManager::install("clusterProfiler")
BiocManager::install("biomaRt")
BiocManager::install("genefilter")